钢之炼金术师剧场版故事发生在不同于现实的异世界中。在这个世界中，所有的人类均拥有被称为守护精灵的动物同伴，这些动物是人类灵魂的具象体现。女主角莱拉·贝拉奎亚成长于英国牛津的约旦学院。在她前往伦敦寻找失踪的朋友罗杰的过程中，莱拉发现一系列儿童失踪事件与神秘物质尘埃有所关联。随着故事展开，她还发现了涉及到阿斯瑞尔勋爵和玛莉莎·库尔特的危险秘密。